Первоначально аппарат Совнаркома был невелик – во второй половине ноября составлял 27 сотрудников, включая управделами В. Бонч-Бруевича. Это создавало сильную перегрузку, учитывая большой поток вопросов, замыкавшихся на Совнаркоме.
Отчасти ситуацию «разряжало» и в то же время запутывало то, что ВЦИК имел свой аппарат, решавший примерно тот же круг проблем, что и Совнарком. Отделы ВЦИК отчасти дублировали работу СНК. «Совет народных комиссаров – это непосредственный орган власти как таковой: и законодательный, и исполнительный, и административный… аналогичные вопросы разрешаются как в Совете народных комиссаров, так и в ЦИК, в зависимости от того, куда этот вопрос попадает», – говорил Я. Свердлов. Это двоецентрие постепенно преодолевалось по мере того, как отделы ВЦИК весной 1918 г. передавались в крепнувшие структуры наркоматов.
Отношения ВЦИК и СНК не были четко определены, что время от времени вызывало конфликты. 4 ноября умеренный большевик и недавний меньшевик Ю. Ларин на заседании ВЦИК предложил отменить декрет о печати 27 октября. Обстановка разрядилась, репрессии против печати были больше не нужны. Ларина поддержали левые эсеры. Это происходило на фоне острого спора по поводу «однородного социалистического правительства». Ленин и Троцкий дали бой сторонникам свободы прессы, отстаивая прежде всего широкие права СНК по борьбе с «контрреволюцией» и отсутствие необходимости согласовывать все его действия с ВЦИК. Левые эсеры не смогли набрать большинства по этому вопросу, потому что 6 левых эсеров и 6 большевиков воздержались, – правые большевики не были готовы идти против своей партии, а левые эсеры, напротив, не были достаточно сплочены. Большевики даже поставили вопрос о доверии правительству на голосование и выиграли его с незначительным перевесом 29 против 23. Однако в результате этой дискуссии левые эсеры заявили о выходе из ВРК. Это было неприятным результатом для Ленина, который одновременно потерял и кадры умеренных большевиков. База режима сужалась.
После вхождения в коалицию с большевиками левые эсеры продолжали бороться за прерогативы ВЦИК, но большевики отстаивали выгодную Совнаркому нечеткость разделения полномочий, где оба органа были немножко правительством и немножко парламентом, но СНК имел перевес в оперативности принятия решений.
1 апреля 1918 г. Я. Свердлов так описывал соотношения двух органов: «ЦИК может в любое время затребовать тот или иной отчет как у представителей Совета народных комиссаров, так и у всего Совета народных комиссаров; ЦИК имеет полное право смещать и переизбирать СНК как по частям, так и в целом… всякий декрет, имеющий принципиальное значение, может проходить через ЦИК, и только декреты, имеющие не принципиальное, не общее значение, как отдельное распоряжение, могут исходить от Совета народных комиссаров…» В действительности СНК генерировал решения, в том числе важнейшие декреты, по несколько на дню. В то же время новые министры – наркомы – первое время могли заниматься прежде всего Петроградом.
История наркоматов началась с комнат, углов и даже отдельных столов и диванов, которые наркомы занимали под свою работу в Смольном. Однако долго так продолжаться не могло – наркомы заваливались нерешенными делами. 15 ноября Совнарком принял решение о том, что наркомы обязаны переехать в свои министерства. Войти в здание было несложно, для этого было достаточно отряда красногвардейцев. Но где взять работников с соответствующей бюрократической квалификацией? Стратегическим ответом большевиков на эту проблему был этот самый слом государственной машины, радикальное ее сокращение и упрощение, когда основные вопросы будут решаться на местах, а возникновение социалистических отношений, как казалось, вообще приведет к автоматическому разрешению проблем, что пока приходится обеспечивать государству. Совнарком пока был готов доверить Советам столько власти, сколько они возьмут (при условии, что эти Советы будут иметь большевистско-левоэсеровское большинство). Но и при таком условии оставалось множество вопросов, которые нельзя было пустить на самотек. Наркомат иностранных дел должен был вести переговоры о мире и как-то налаживать отношения с государствами Антанты. Наркомат социального обеспечения – срочно обеспечить выплаты пенсий. Наркомат продовольствия – продолжить заготовку и поставку в города продуктов. И так далее.
Это были срочные, неотложные дела, которые не зависели от программы преобразований правительства. Правительство, которое не может справляться с текущей работой, теряет авторитет, необходимый для преобразований. Как вспоминала А. Коллонтай, «если не придем на помощь увечным воинам, не выплатим вовремя пособия, не позаботимся о бездомных – не избежать демонстрации».
Состав правительства, созданного второпях и при остром дефиците кадров, нужно было время от времени менять. Тем более что политические обстоятельства эту кадровую проблему постоянно обостряли. Сначала нужно было кем-то заменить наркомов финансов И. Скворцова-Степанова и юстиции Г. Оппокова, которые увязли в московских делах и не поехали в Петроград. На эти наркоматы перекинули Р. Менжинского (уже обтесавшегося на посту комиссара ВРК в Госбанке) и П. Стучку. Наркомпрод И. Теодорович поддержал правых большевиков, отправился в Сибирь за хлебом и в Петрограде работать не мог. Исполнять его обязанности стал А. Шлихтер.
Наркомы руководили ведомством не единолично, а с помощью коллегии, на заседаниях которой председательствовали аналогично тому, как Ленин председательствовал на заседаниях Совнаркома, – решение принималось в результате общего обсуждения. Также между членами коллегии распределялись направления работы.