15 ноября было достигнуто соглашение, по которому объединенный «революционный парламент» ВЦИК составлялся на паритетных началах. К 108 имеющимся членам ВЦИК добавлялось столько же от Чрезвычайного II съезда Крестьянских депутатов (значительную часть каждой группы составляли солдаты), после чего еще 100 членов следовало избрать от армии и 50 от профсоюзов (включая Викжель). После расширения ВЦИК 15 ноября левые эсеры получили временное преобладание во ВЦИК на две недели, но по соглашению не имели права пользоваться им для изменения состава правительства. Затем депутаты от армии и профсоюзов обеспечили большевикам преобладание над левыми эсерами. Исследователь А. Рабинович задается вопросом: «Остается непонятным, почему левые эсеры, получив временное большинство в ВЦИКе, не пожелали воспользоваться им и, особенно, почему они не сделали попытки сформировать кабинет с левоэсеровским большинством». Ответ лежит на поверхности – это противоречило соглашению 15 ноября. Нарушать его в одной из частей было бессмысленно – это немедленно привело бы к разрушению самого соглашения и возвращению ситуации к первой половине ноября. Оказаться министрами (наркомами) левые эсеры могли только с согласия большевиков, потому что у левых эсеров не было силовых ресурсов для защиты собственных, отдельных от большевиков претензий на власть – и против большевиков, и против более правых социалистов. Столкновение с большевиками в этот момент просто отталкивало левых эсеров в лагерь противников новой власти, назад к эсерам. В ноябре левые эсеры еще только создавали свою партию и могли войти во власть только как младшие союзники большевиков в надежде нарастить влияние и позднее усилить свои позиции в советской системе власти.
Собственно, суть дела Ленин еще тогда разъяснил представителю левых эсеров Б. Малкину, который пытался обеспечить прозрачность принципов формирования частей ВЦИК: «А вы, я вижу, ушиблены парламентаризмом. Неужели вы не видите, что мы включаем организации в революционный парламент не по каким-нибудь формальным признакам, а по их роли и значению в революции?» А эту роль большевики определяли так, чтобы за ними оставалось большинство.
Новая коалиционная конфигурация власти соответствовала большевистской позиции на переговорах с Викжелем. Левые эсеры стали младшими партнерами в коалиции с большевиками. Против соглашения выступили эсеры-центристы и правые, которых становилось все больше на крестьянском съезде, а также представители Викжеля.
17 ноября, критикуя во ВЦИК большевиков за очередной несанкционированный «советским парламентом» шаг – роспуск Петроградской гордумы, М. Спиридонова высказалась за вхождение левых эсеров в правительство, чтобы сдержать авторитарные замашки большевизма. Но для этого нужно было более четко определить полномочия центральных советских органов. Большевики пошли навстречу – Я. Свердлов предложил проект «наказа», определяющего отношения СНК и ВЦИК. В соответствии с ним ВЦИК должен был утверждать все законодательные акты и распоряжения крупного общеполитического значения. Мероприятия по борьбе с контрреволюцией СНК мог проводить «непосредственно» и только потом отчитываться перед ВЦИК. Наркомы должны были отчитываться перед ВЦИК раз в неделю. 15 членов ВЦИК могли выступить с запросом, на который представители СНК должны были давать ответы немедленно. Этот компромисс давал левым эсерам ряд инструментов для сдерживания авторитарных тенденций в системе Советской власти. Но большевики не всегда соблюдали эту «конституцию».
26 ноября, после приезда достаточного числа делегатов, открылся II съезд Советов крестьянских депутатов, которому удалось набрать кворум, хотя и не сразу. На момент открытия было 499 депутатов с решающим голосом, а 1 декабря – 789. Всего доехали 1283 депутата. С перевесом в 39 голосов председателем съезда снова стала Спиридонова. Стороны ожесточенно спорили по поводу правомерности мандатов. Обильное представительство воинских частей обеспечило и здесь перевес левым, однако часть левых иногда голосовала вместе с членами ПСР.
Как и на других широких форумах того времени, делегатов поляризовали вопросы о том, может ли Учредительное собрание отменить Советскую власть и может ли Советская власть арестовывать депутатов, даже если они «контрреволюционеры». Прибывший на съезд 2 декабря Ленин настаивал, что «Советы выше всяких парламентов, всяких учредительных собраний… через Учредительное собрание революции, которые были в Европе и которые свергли монархию, образовывали буржуазную республику… Такая революция, которая произошла у нас, никогда и нигде еще не была». Левые эсеры были согласны, что революция переросла буржуазные рамки, для ПСР же Учредительное собрание было в это время политическим символом веры. Ленину кричали: «Ложь!» Эсеры предложили проект резолюции и в нем выступили за сотрудничество Советов как «идейно-политических руководителей масс» и «боевых пунктов революции» с Учредительным собранием, которое «претворит в жизнь чаяния масс, выраженные Советами». Такой компромисс поддержала и часть левоэсеровских делегатов. Левоэсеровский проект, где говорилось, что отношение к Учредительному собранию выяснится в ходе его деятельности, поддержали большевики. Но большинство в несколько десятков голосов набрал проект эсеров. Предполагалось, что в него могут быть внесены поправки, но атмосфера на съезде накалялась. Троцкий, которого пригласили для доклада о мире, столкнувшись с обструкцией части зала, ушел с левой частью делегатов выступать в другое помещение. 4 декабря скандал разразился из-за проблемы правильности мандатов, и из зала ушли уже сторонники ПСР. Съезд раскололся – фактически из-за отношения к Советам и Учредительному собранию. Остались 333 депутата, которые решили продолжать работу до 10 декабря (затем их число возросло до 428, включая примерно 250 от армии). Этот потерявший кворум съезд, по выражению В. М. Лаврова, «становился скорее армейским, скорее II Чрезвычайным, чем II Всероссийским крестьянским съездом». Он поддержал Советскую власть и потребовал поддержки ее решений от Учредительного собрания.