На Соборе были представлены сторонники обновления Церкви, которые выступали за демократическую систему церковного управления, где простой священник имел бы такое же право голоса, что и архиерей. Радикальные реформисты выступали за республиканскую организацию, без Патриаршества. На Соборе радикально антипатриаршая партия, скорее всего, не превышала в общей сложности 60 человек, то есть приблизительно 11 % от общего числа участников Собора. Более умеренное крыло добивалось ограничения полномочий Патриарха полновластным Синодом.
Участник Собора и церковный историк А. Карташев писал: «Может быть, эти прения и затянулись бы надолго, если бы не большевистский переворот 25 октября. Под залпы артиллерийских выстрелов, громивших самый Кремль и попадавших в кремлевские соборы и монастыри, под свист пуль уличных боев, волевое решение подавляющего числа соборян должно было оформиться. Для колебаний не осталось времени. Бесспорно, как это выразилось и открыто в речах, у многих были надежды – получить в лице Патриарха не только возглавителя Церкви, но и национального вождя, живое лицо которого могло бы быть некоторым центром притяжения и собирания разбушевавшейся массовой стихии. Но либеральные защитники идеала соборности, в смысле осуществления канонической свободы самоуправления в Церкви, добились своего. Они включили вопрос о восстановлении патриаршества в законодательное определение о соборной форме высшей церковной власти и этим сделали из русского Патриарха конституционного председателя соборных учреждений, лишенного возможности стать церковным монархом».
28 октября Собор принял «Определение по общим положениям о высшем управлении Православной Российской Церкви», которое предусматривало:
• «В Православной Российской Церкви высшая власть – законодательная, административная, судебная и контролирующая – принадлежит Поместному Собору, периодически, в определенные сроки созываемому, в составе епископов, клириков и мирян;
• Восстанавливается Патриаршество, и управление церковное возглавляется Патриархом;
• Патриарх является первым между равными ему епископами;
• Патриарх вместе с органами церковного управления подотчетен Собору».
30 октября 1917 г. начались выборы Патриарха. «В первом туре» делегаты подавали записки с тремя именами. Было подано за Антония, архиепископа Харьковского – 101 записка, за Кирилла, архиепископа Тамбовского – 27, за Тихона, митрополита Московского – 23, за Платона, митрополита Кавказского – 22, за Арсения, архиепископа Новгородского – 14. В соответствии с принятым порядком кандидатами могли стать трое, набравшие более половины голосов. Сложная процедура голосования продолжилась 31 октября. Сначала наибольшее количество голосов получил Антоний и стал кандидатом. Затем – Арсений и последним – Тихон. 5 ноября 1917 г. в Храме Христа Спасителя состоялось само избрание Патриарха. На этот раз следовало довериться жребию. Иеромонах Зосимовой пустыни Алексий вытащил жребий с именем Тихона. Патриарха выбирали при большом стечении народа – вход в Храм Христа Спасителя был свободным.
Поместный Собор конкретизировал полномочия Патриарха и других центральных органов церковного управления, образовал два органа коллегиального управления Церкви в промежутках между Соборами: Священный Синод и Высший Церковный Совет.
Сторонники утверждения церковной монархии развернули наступление на принцип «первый между равными». Как говорил, выступая на Соборе, архимандрит Илларион (Троицкий), «недостаточно сказать, что Патриарх возглавляет Священный Синод и Совет: нет. Все Церковное Управление восходит к нему как главе».
Заседания Собора приостановились на рождественские каникулы 9 декабря 1917 г. 20 января 1918 г. открылась вторая сессия, продолжившаяся до 2 апреля, ее главной темой было устройство епархиального управления. На Собор смогли приехать только 110 делегатов.
Восстановление Патриаршества, символизировавшего независимость Церкви от государства, повысило ее авторитет, и это было проблемой для атеистического Советского правительства.
Отношения обновляющейся Церкви и Советской власти были конфликтными с самого начала. 2 ноября Собор утвердил постановление «О правовом положении Церкви в государстве», в котором РПЦ претендовала на правовое закрепление ее «первенствующего положения» среди других исповеданий. Это было неприемлемо не только для большевиков, но и для любых сторонников светского государства.
Среди сторонников Советской власти было немало людей, относящихся к Церкви не просто неприязненно, а прямо враждебно как к институту «старого мира». Активная политическая позиция священников воспринималась ими как прямая контрреволюция. В зонах боевых действий это было смертельно опасно. 31 октября во время занятия Царского села был застрелен выступавший против большевиков протоиерей Иоанн Кочуров.
Лидеры РПЦ не намеревались оставаться в рамках чисто религиозной сферы и не избегали политических оценок. О новой власти Собор высказывался в таких выражениях: «В последнее время группа людей, силой оружия захватившая власть в Петрограде, Москве и некоторых других городах, взяла на себя смелость накануне открытия Учредительного собрания вступить с Германией от лица русского народа и Русского государства в переговоры о мире». По этому сугубо политическому вопросу Собор выступил с конкретной позицией, считая, что переговоры могут вестись свободно избранными представителями населения (то есть Учредительного собрания) и только «в согласии с нашими союзниками». Патриарх Тихон осудил Брестский мир, что дало «почву для обвинений Патриарха в контрреволюционной деятельности». Как пишет историк Д. И. Поспеловский, «патриарха Тихона можно обвинить в антиправительственной позиции в той же степени, что Бухарина и Троцкого, например». Это парирует обвинение в контрреволюционной деятельности. Но в том-то и дело, что для советских лидеров принципиально было невмешательство Церкви в политику, что соответствовало и официальной позиции Патриарха. А тут уже аналогия с Троцким и Бухариным не действует – они все-таки были политиками. Патриарх тоже счел возможным время от времени высказывать политические мнения, что раздражало и беспокоило большевиков.