Пока Совнарком между прочими делами обсуждал свою линию в отношении Церкви, на местах происходили «эксцессы», вызванные антицерковными настроениями просоветского актива. 19–20 ноября красногвардейцы пытались захватить Троице-Сергиеву Лавру, но эта попытка была пресечена Московским губсоветом. Он ждал указаний из центра.
Привлечению внимания советского руководства к проблеме Церкви способствовала инициатива священника о. Михаила (Галкина), резко критически настроенного в отношении церковных порядков и претензий РПЦ на привилегированный статус в российском обществе. Он направил в Совнарком письмо с предложением сотрудничать в борьбе с духовенством. Совнарком санкционировал публикацию 3 декабря в «Правде» статьи о. Михаила «Первые шаги на пути отделения церкви от государства». Он утверждал, что Церковь, «получив в лице патриарха нового деспота, с открытым забралом готовится к наступлению против “духовных разбойников социалистов”. Этого и надо было ожидать. По самой своей природе церковь является институтом глубоко консервативным, она всегда была непримиримым врагом всякого революционного движения». О. Михаил предлагал основные направления реформы государственно-церковных отношений, в том числе: «1. Религия объявляется частным делом каждого человека. 2. Церковные и религиозные общины объявляются частными союзами, совершенно свободно управляющими своими делами»; необязательность преподавания закона Божьего в школе; изъятие из рук Церкви дела метрикации, регистрации браков и др.; отмена всех привилегий священников и монахов; подготовка секуляризации, передача золота, серебра и драгоценностей Церкви «в народную казну, опустевшую в годину величайших потрясений». О. Михаил настаивает, что его позиция является более христианской, чем поведение клира РПЦ: «И это еще большой вопрос, кто настоящий христианин: тот ли, кто раньше мирился с золотым тельцом, поставленным посреди православных храмов… или тот, кто… освободил скованную железными цепями, брошенную в тюрьму конфессиональных предрассудков, убиваемую, но не убитую совесть человека». Эти идеи русской реформации оказались по душе атеистам из Совнаркома и нашли отражение в декрете об отделении Церкви от государства и школы от Церкви.
11 декабря Совнарком изъял из рук Церкви дело образования и религиозные просветительские учреждения передал в наркомпрос. В его ведение были переданы 4 духовные академии, 56 семинарий, 185 духовных училищ, 85 женских епархиальных училищ, 40 тыс. церковно-приходских школ. Это вызвало первую волну конфликтов, так как православные учреждения (мусульман пока не трогали) оказались под угрозой закрытия. 27 января сотрудники наркомпроса предложили руководству Петроградской духовной академии войти в состав университета на правах богословского факультета. Академия согласилась, вопрос обсуждался практически, но советские власти отобрали помещение, и академия прекратила существование.
18 декабря Церковь потеряла право официальной регистрации браков.
Тучи сгущались и над церковной собственностью. 13–21 января 1918 г. была предпринята попытка занятия Александро-Невской лавры. На нее нарком социального призрения А. Коллонтай обратила свой взор в поисках помещения для дома инвалидов. Решение передать помещения лавры под дом инвалидов нарком согласовала с Союзом увечных воинов, но не с Лениным. Дыбенко по просьбе любимой женщины и коллеги по СНК прислал матросов. При попытке занять лавру 19 января монахи ударили в набат, собралась толпа верующих. Матросов разоружили. Красногвардейцы сначала отошли, но затем к ним прибыли подкрепления с пулеметами. Перепалка закончилась стрельбой, был смертельно ранен протоиерей о. Петр Скипетров. После этого красногвардейцы и матросы ретировались.
Конфликт вышел первостатейный, за что Коллонтай попало от Ленина. Как она утверждает, предсовнаркома при этом сказал: «Инцидент с лаврой приблизил вплотную практическое разрешение вопроса об отделении церкви от государства…» Идею превратить монастыри в социальные учреждения А. Коллонтай развивала и в дальнейшем.
А пока В. Бонч-Бруевич сообщил настоятелю лавры епископу Прокопию, что советское решение было неправильно понято и речь идет лишь о размещении инвалидов в пустующих помещениях лавры. 21 января состоялся грандиозный крестный ход к лавре и затем к Казанскому собору во главе с митрополитом Вениамином. 20 января Чрезвычайная комиссия по охране города Петрограда заявила, что слухи о запрете крестных ходов «являются самой отвратительной ложью», а кто им будет препятствовать – будет арестован.
Успех защиты Александро-Невской лавры убедил Церковь, что можно сопротивляться решениям властей. Это было очень некстати для Совнаркома, как раз в это время принявшего декрет об отделении Церкви от государства.
19 января, за день до открытия второй сессии Собора, Патриарх выступил с посланием, в котором объявил о начавшихся гонениях на Церковь и анафематствовал гонителей: «Тяжкое время переживает ныне Святая Православная церковь Христова в Русской земле: гонения воздвигли на истину Христову явные и тайные враги сей истины, и стремятся к тому, чтобы погубить дело Христово, и вместо любви христианской всюду сеют семена злобы, ненависти и братоубийственной брани.
Забыты и попраны заповеди Христа к ближним: ежедневно доходят до нас известия об ужасных и зверских избиениях ни в чем не повинных… людей, виновных только разве в том, что честно исполняли свой долг перед родиной…
Опомнитесь, безумцы, прекратите ваши кровавые расправы. Ведь то, что творите вы, не только жестокое дело: это – поистине дело сатанинское, за которое подлежите вы огню геенны в жизни будущей – загробной и страшному проклятию потомства в жизни настоящей – земной…