Весть о шамхорском побоище распространилась среди солдат, и на митингах они грозили разгромить Тифлис. 31 января (13 февраля) председатель Тифлисской городской думы А. Ломтатидзе выехал навстречу к приближающимся эшелонам. В итоге договорились, что националисты гарантируют беспрепятственное прохождение эшелонов.
Нападения националистов на солдат еще сильнее толкали войско в объятия большевиков – противников национализма, сторонников скорейшего завершения войны, представителей общероссийской власти. «В распоряжении ВРК имелось до 6000 солдат, ожидавших отправки на Северный Кавказ. В Баку их в значительной мере удерживал страх повторения расправы над русскими солдатами, подобной той, которая случилась на ст. Шамхор 9–12 января». Но основная масса солдат-славян стремилась покинуть Баку и следовать на север, домой. В Баку оставались прежде всего солдаты с Кавказа, армяне («татары» в массе своей не служили в армии, а грузины отправились в Грузию).
12–13 декабря были проведены выборы в Бакинский Совет рабочих, солдатских и матросских депутатов, который принес успех большевикам – они получили 51 мандат (по другим данным, 52 и 7 сочувствующих). Но большинства они не имели. 31 место получили левые эсеры (по другим данным, 46 и 7 сочувствующих). 41 мандат получили дашнаки, 28 – эсеры, 21 – мусаватисты, 11 – меньшевики (по другим данным, они совокупно получили 143 мандата). Всего было избрано 308 депутатов, то есть треть оставалась неопределившейся (по другим данным, 52 беспартийных). С 16 декабря 1917 г., когда Шаумян был назначен чрезвычайным комиссаром СНК РСФСР по делам Закавказья, председателем Совета стал П. Джапаридзе.
Потерпев неудачу на новых выборах, лидер «Мусавата» М. Расулзаде сначала заявил, что партия отказывается поддержать передачу власти Бакинскому Совету, потому что в нем не представлено крестьянство. Но затем все же мусаватисты согласились признать власть Совета и войти в исполком. В исполкоме большевики получили 6 мест, дашнаки – 5, левые эсеры – 4, эсеры – 3, мусаватисты – 2.
При этом азербайджанские националисты участвовали в создании Закавказского комиссариата, открыто противостоявшего большевикам. От Азербайджана в него вошли Ф. Хойский, М. Джафаров, Х. Мелик-Асланов. Они не входили в «Мусават», но блокировались с ним на выборах в Учредительное собрание.
В этот период выборы в Учредительное собрание казались более важными, чем выборы в Совет. А на общероссийских выборах большевики потерпели в Закавказье поражение – большинство получили национальные партии – грузинские социал-демократы, мусаватисты и дашнаки. Более левые течения набрали каждое по несколько процентов. Зато в Баку большевики получили 20 % голосов всех жителей и 70 % голосов солдат гарнизона.
Ответом депутатов от Закавказья на разгон Учредительного собрания стало решение 23 января 1918 г. о созыве Закавказского сейма из местных депутатов Собрания. В канун его созыва большевики предприняли новый натиск на власть Закавказского комиссариата.
3 (16) февраля восстал разагитированный большевиками 4-й грузинский полк в Гори. 6 (19) февраля произошло подобное восстание в Кутаиси. 8 (21) февраля в Тифлисе была закрыта большевистская пресса и проведены аресты большевиков. На следующий день просоветские профсоюзы, в том числе железнодорожники, объявили забастовку протеста. 10 (23) февраля 1918 г., в день открытия Закавказского сейма, большевики собрали массовую манифестацию в Александровском саду против репрессий и отделения от России. Большевики, таким образом, стали выразителями стремлений тех слоев населения, кто не поддерживал отделение от России. Народная гвардия открыла огонь по собравшимся. Власть Закавказского комиссариата стабилизировалась. 23 февраля под председательством известного меньшевика Н. Чхеидзе собрался Закавказский сейм.
Бакинский Совет не признал его полномочий. Зато закавказскую власть признала Бакинская дума. Кавказский краевой комитет большевиков, комментируя начало работы сейма, обрушился на партию «Дашнакцутюн», «которая в течение десятков лет отравляла ядом национализма кавказскую и, прежде всего, армянскую интеллигенцию». Мусаватисты не были упомянуты. Но их роль в сейме была слишком активна, чтобы большевистско-мусаватистское сотрудничество могло продолжаться.
15 марта Бакинский Совет решительно протестовал против отделения Закавказья от России, за которое выступил «Мусават». Лидеры Совета видели в этом путь к турецкому владычеству и «восстановлению господства ханов». Практический вывод из этого носил военный характер: «Совет поручает Исполнительному комитету ускорить создание Советской Красной Армии, а также принять все меры для упразднения или вывода из Баку отдельных национальных частей и подчинения всех вооруженных сил города Баку власти Совета и советского Военно-революционного комитета Кавказской армии».
Тактический союз большевиков и мусаватистов подходил к концу, однако большевики быстро нашли замену – дашнаков. Тем более что социалисты и дашнаки вернулись в Совет и 15 марта поддержали резолюцию против отделения от России. Это означало перегруппировку как политических, так и национальных сил, что в условиях Баку было двумя сторонами одной медали. Такая перегруппировка вызвала даже некоторое беспокойство Шаумяна, и он подстраховался – был сохранен Военно-революционный комитет Кавказской армии (хотя в связи с Брестским миром она уже фактически разошлась по домам). ВРК опирался на оставшиеся в Баку воинские подразделения и флот. «Мы решили сохранить этот комитет, несмотря на демобилизацию армии, чтобы не быть связанными всякими дашнакскими, правоэсеровскими и мусаватистскими фракциями, которые участвуют в Бакинском Совете», – писал Шаумян Сталину 16 марта.