Но это не охладило большевиков в их стремлении вовлечь Туркестан в социалистический эксперимент. По их предложению была принята резолюция, в которой говорилось, что «принцип самоопределения мы подчиняем непосредственно социализму». Это было по-своему логично. Если мировая революция соединит экономики более развитой Германии и менее развитой России, что поможет последней преодолеть отсталость и прийти к социализму, то тем более Россия может начать вовлекать в социалистический хозяйственный организм связанные с российской экономикой сектора экономики Туркестана и ресурсы, расположенные на территории Российского государства.
Однако такая «колониальная революция» (по выражению Г. Сафарова) столкнулась с сопротивлением. В Ташкенте 13 декабря прошла массовая демонстрация в поддержку автономистов. Радикальная часть манифестантов ринулась на тюрьму освобождать бывшего военного комиссара Временного правительства А. Доррера. Эта фигура не была особенно популярна именно среди мусульман, и здесь демонстрацией воспользовались, скорее всего, русские противники большевизма. Нападение было поддержано и частью мусульманских лидеров во главе с туранистом Н. Ходжаевым. Соблазн захватить власть в Ташкенте оказался велик. Толпа овладела тюрьмой, произошли вооруженные столкновения. Совнаркому удалось удержать ситуацию под контролем.
Лидеры Туркестанской автономии по итогам этих событий призвали мусульман «сохранять выдержку и спокойствие». Они не желали эскалации вооруженного противостояния с Совнаркомом, надеясь на компромисс. Одновременно и некоторые Советы (Ошский, Ферганский областной), где большевики не добились преобладания, выступили против перехода власти к Советам.
Однако военный и политический перевес был на стороне большевиков, а Кокандская автономия не смогла найти достаточной поддержки в Туркестане. Постепенно вооруженным или политическим путем власть в городах вокруг Коканда переходила к Советам, автономисты оказывались в изоляции. Они пытались создать свою сеть организаций советского типа и 26–30 декабря 1917 г. провели I Чрезвычайный съезд мусульманских рабочих и солдатских депутатов на базе подконтрольного им Союза трудящихся мусульман. Отношения между Ташкентом и Кокандом еще не вылились в войну, и на съезде выступил нарком труда в Совнаркоме Туркестана большевик П. Полторацкий, который заявил: «Мы не против автономии трудящихся. Мы против автономии богатых». Автономисты, позволившие выступить Полторацкому, рассчитывали на ответную любезность, но их заявка на участие в IV съезде Советов Туркестана была отвергнута. Этот съезд, проходивший в январе 1918 г., объявил лидеров автономистов вне закона.
Любопытно, что съезд мусульманских рабочих и солдатских депутатов апеллировал к Российскому Совнаркому как высшей власти, предлагая указать Ташкентскому Совнаркому сдать власть правительству Туркестанской автономии «во избежание анархии и двоевластия, могущего привести Туркестан к величайшей катастрофе».
Мосты между российским Совнаркомом и Кокандом пытался навести также Всероссийский мусульманский Совет. Но Петрограду было чем заняться, и в туркестанских вопросах он ставил на Ташкент.
Союз автономистов с антибольшевистским казачеством, их политический состав и противостояние уже имеющейся и разрастающейся в регионе Советской власти исключали уступки автономистам со стороны Петрограда.
Автономисты взяли курс на созыв Учредительного собрания Туркестана и свержение Советской власти в Ташкенте. В ночь на 12 февраля автономисты по пытались захватить крепость Коканда, занятую красным гарнизоном, но неудачно. В скоротечной войне в феврале 1918 г. красные оказались сильнее и организованнее. Кокандские автономисты попытались опереться на джигитов полевого командира Эргаша, но 18 февраля он попросту сверг автономию и провозгласил себя ханом Коканда. Тонкий слой просветительской политики был прорван проснувшейся энергией традиционного общества. Это был лишь один из первых сигналов, к которому большевикам нужно было внимательно отнестись. Но они разгромили Эргаша и взяли Коканд 20 февраля 1918 г. Басмачество не воспринималось еще в качестве серьезной проблемы.
Как и в Баку в марте 1918 г., при штурме Коканда большевики использовали для победы над тюрками армянские отряды «Дашнакцутюн».
По мнению С. С. Агзамходжаева, «Туркестанская автономия, несмотря на широкую поддержку туркестанских масс, была насильственно подавлена. Это послужило толчком к возникновению вооруженного сопротивления советской власти, к вооруженной борьбе за независимость, воплотившейся в истиклолчилик харакати» (более известном как басмаческое движение).
Однако в событиях 1918 г. не просматривается ни активной поддержки автономистов со стороны широких масс населения, ни прямой связи между разгромом автономии и последующим подъемом массового басмаческого движения. Туркестанские автономисты не смогли мобилизовать на свою сторону достаточной политической и военной поддержки, чтобы обеспечить длительное сопротивление большевизму. Притом что в дальнейшем такое сопротивление действительно возникло. Кокандская автономия оказалась в значительной степени элитарным проектом, и население Туркестана в большинстве своем отнеслось к ее поражению равнодушно. И лишь позднее политика Советской власти вызовет новое, куда более устойчивое сопротивление.
Разгромив Кокандскую автономию, советские лидеры взяли в собственные руки знамя автономизма. С самого начала Октябрьской революции региональным советским органам была предоставлена широчайшая самостоятельность. Теперь предстояло оформить эту автономию формально. 22 марта Наркомнац утвердил положение о Татаро-Башкирской Советской республике, которое могло стать модельным. Планировалось создание национально-территориальной автономии. Проект не осуществился из-за начала широкомасштабной гражданской войны весной 1918 г.