Зовем всех вас, верующих и верных чад церкви: станьте на защиту оскорбляемой и угнетаемой ныне святой матери нашей.
Враги церкви захватывают власть над нею и ее достоянием силою оружия, а вы противостаньте им силою веры вашего всенародного вопля, который остановит безумцев и покажет им, что не имеют они права называть себя поборниками народного блага, строителями новой жизни по велению всенародного разума, ибо действуют даже прямо противно совести народной.
А если нужно будет и пострадать за дело Христово, зовем вас, возлюбленные чада церкви, зовем вас на эти страдания вместе с собою словами святого апостола: “Кто ны разлучит от любве Божия: скорбь ли, или теснота, или гонение, или глад, или нагота, или беда, или меч” (Рим. 8:35)».
Осудив тех, кто неправомерно называет себя «строителями новой жизни» (намек вполне прозрачный), Патриарх подписал предписание о невмешательстве духовенства в политику.
Собору осталось поддержать инициативу Патриарха, что значительно повысило его авторитет, из «первого среди равных» он превратился в вождя РПЦ. Собор призвал верующих объединиться вокруг Патриарха.
20 января был принят и 23 января вступил в силу Декрет об отделении Церкви от государства и школы от Церкви. Декрет вырабатывали нарком юстиции П. Стучка, член коллегии наркомата П. Красиков, нарком просвещения А. Луначарский, юрист И. Рейснер и священник М. Галкин (вскоре он снимет с себя сан и посвятит жизнь борьбе уже не просто с РПЦ, но и с религией). В редактировании текста декрета принял участие и Ленин.
Формальной основой декрета был принцип свободы совести: «В пределах Республики запрещается издавать какие-либо местные законы или постановления, которые бы стесняли или ограничивали свободу совести, или устанавливали какие бы то ни было преимущества или привилегии на основании вероисповедной принадлежности граждан»; «Каждый гражданин может исповедывать любую религию или не исповедывать никакой. Всякие праволишения, связанные с исповеданием какой бы то ни было веры или неисповеданием никакой веры, отменяются». Из официальных актов устранялось всякое указание на религиозную принадлежность граждан.
Религиозные обряды теперь не должны были сопровождать государственные церемонии. Исполнение религиозных обрядов должно было быть свободным «постольку, поскольку они не нарушают общественного порядка и не сопровождаются посягательствами на права граждан Советской Республики». Подтверждалось, что акты гражданского состояния ведутся исключительно гражданской властью. Вопрос о свободе совести тесно увязывался с темой просвещения: «Школа отделяется от церкви. Преподавание религиозных вероучений во всех государственных и общественных, а также частных учебных заведениях, где преподаются общеобразовательные предметы, не допускается. Граждане могут обучать и обучаться религии частным образом». Вслед за этими мерами по созданию светского государства следовали пункты 12–13, сомнительные с точки зрения свободы совести, но напоминающие конфискационные меры, характерные для европейской реформации: «Никакие церковные и религиозные общества не имеют права владеть собственностью. Прав юридического лица они не имеют». «Все имущества существующих в России церковных и религиозных обществ объявляются народным достоянием. Здания и предметы, предназначенные специально для богослужебных целей, отдаются, по особым постановлениям местной или центральной государственной власти, в бесплатное пользование соответственных религиозных обществ». Если переход имуществ мог трактоваться как «возвращение народу» того, что Церковь нажила благодаря своему привилегированному положению, то запрет владеть собственностью и лишение прав юридического лица очевидно ущемляли права религиозных обществ и противоречили пункту 10 того же декрета, который гласил, что «церковные и религиозные общества подчиняются общим положениям о частных обществах и союзах…»
Но о какой свободе может идти речь, когда Церковь лишают собственности? Государственная власть может предоставить эту собственность верующим, а может и не предоставить. Невозможно теперь жертвовать Церкви, потому что и жертвы эти оказываются в собственности государства.
Историк Д. И. Поспеловский считает: «Декрет 20 января – классическое свидетельство попытки Ленина дословно следовать заветам Марксова учения о религии как духовной надстройке на материальном базисе. Следует убрать этот базис – имущество и средства доходов Церкви – и Церковь отомрет сама собой». Такая стратегия не требовала более активных антицерковных действий. Но декрет 20 января привел к кризису, совершенно излишнему для власти в этот тяжелый период, так как Церковь решила сопротивляться.
25 января (7 февраля) Собор выступил с постановлением о декрете, который был назван исполнением «сатанинского умысла» уничтожить Церковь. Утверждалось, что «враги Христовы лицемерно надевают на себя личину ревнителей полной религиозной свободы».
Выступая на Соборе, митрополит Новгородский Арсений возмущался, что священников лишают права проповеди под видом запрета на критику Советской власти. Впрочем, запрет на критику царской власти в дореволюционное время не воспринимался как запрет на проповедь. В апреле 1918 г. Петербургский комитет РКП(б) разъяснял: «Никогда еще исповедание какой угодно религии не было так свободно, как теперь. Но религия не должна служить ширмой против советской [власти] и [для] контрреволюционной пропаганды. Пусть священнослужитель какой угодно религии произносит проповеди о том, как спасти свою душу, как обрести царствие небесное, – ему никто не станет в этом препятствовать.