Но если он станет проповедовать возврат к самодержавию, к власти помещиков и капиталистов, восстанавливать трудящихся против Советской власти, он перестанет быть священником и превратится в контрреволюционного агитатора. Тогда пусть он пеняет на себя».
Декрет был объявлен актом гонения против Церкви, и проведение его в жизнь объявлялось несовместимым с принадлежностью к Церкви. Только 12 сентября, после выхода разъясняющей декрет инструкции, Собор разрешил верующим сотрудничать с властями при получении храмов в пользование.
В ночь на 28 января были реквизированы здание Синода и находившиеся там церковные капиталы. 3 (16) февраля 1918 г. была реквизирована Московская синодальная типография. При этом у других конфессий дела обстояли лучше. В апреле Московский совнарком постановил: «Заслушав заявление уполномоченных от Всероссийских съездов и союзов старообрядцев всех согласий о назначении жилищным советом 7 Рогожской районной управы администратора над всеми владениями Старообрядческой общины Рогожского кладбища Никольской старообрядческой общины в силу декрета об отделении Церкви от государства признать необходимость приостановить всякия действия по отношению к старообрядческим общинам». Было решено, что старообрядческие общины – это ассоциации частного характера и декрет не может иметь к ним приложения. Старообрядцев было трогать не велено, а вот за РПЦ не признавали прав ассоциации частного характера. Но она стала создавать такие ассоциации.
В своем воззвании 27 января (9 февраля) Собор РПЦ призвал верующих создавать союзы для защиты церковных святынь. Только в Петрограде в них вступило от 57 до 70 тыс. человек.
28 февраля Патриарх и Синод приняли постановление о деятельности церковно-административного аппарата в условиях новой государственной власти. Оно разъясняло, что «пастыри должны идти навстречу добрым начинаниям верующих, направленным к защите Церкви». Определялось, что союзы для защиты церковного достояния должны создаваться при приходах, но формально не считаться религиозными, чтобы иметь возможность в случае угрозы объявить имущество Церкви своим. Святыни должны храниться так, чтобы их было тяжело изъять. В случае начавшегося захвата следовало бить в набат и созывать народ. Все люди, захватывающие церковное достояние, подлежали отлучению. Отдельно оговаривалась недопустимость содействия со стороны священников удалению своих коллег властями – клир должен был сплотиться перед лицом угрозы.
В конце января – феврале 1918 г. по всей России прошли крестные ходы, посвященные оглашению послания Патриарха. В Пензе, Саратове, Харькове, Воронеже, Туле произошли столкновения и стрельба по участникам крестных ходов. Столкновения со стрельбой были при реквизиции Белогорского подворья в Пермской губернии 22 февраля.
Наиболее массовой расправой этого периода стал расстрел в Солигаличе Костромской губернии 7 марта протоиерея о. Иосифа Смирнова, священника о. Владимира Ильинского, диакона Иоанна Касторского и 18 верующих. Казнь была совершена в ответ на серьезные волнения. 24 февраля крестный ход в Солигаличе прошел относительно спокойно. Но 26 февраля советское руководство Солигалича во главе с В. Вылузгиным попыталось реквизировать хлебные запасы Богородице-Феодоровского монастыря. Иерей Василий Ильинский собрал у стен монастыря верующих. В итоге представители Совета были вынуждены отказаться от своего намерения. Но верующие не успокоились и осадили исполком. В результате столкновения один из верующих был убит, а Вылузгин ранен и захвачен участниками волнений. Его отправили в больницу, а утром он был убит неизвестными.
4 (17) февраля в Шацке прошел крестный ход, посвященный оглашению послания Патриарха 19 января. Собравшиеся прихожане кричали гонителям Церкви «анафема», после чего были окружены красногвардейцами. Представители Советской власти требовали разойтись, подкрепляя свое требование штыками и выстрелами в воздух. Верующие не расходились и пытались прорваться. Священники призывали не доводить дело до насилия, но все равно были арестованы вместе с тремя прихожанами. Власти требовали от семи арестованных подписать обязательство «не произносить проповеди на политические темы». Священники отказывались. Через неделю под давлением верующих священников освободили.
Представители местных советских властей часто воспринимали крестные ходы, посвященные оглашению послания Патриарха, как антисоветские демонстрации. В ночь на 6 февраля за проведение этого мероприятия в Омске попытались арестовать епископа Омского и Павлодарского Сильвестра Ольшевского. Священники ударили в набат, сбежались верующие, но матросы, убив эконома, все же захватили епископа и еще двух священников. Толпы обступили храмы и место заключения священников – «Дом народа». Красногвардейцы и матросы стреляли в основном поверх голов и по колокольням, чтобы прекратить звон. Были убитые, раненые. 8 февраля священников отпустили под подписку о невыезде.
Бурно прошло празднование Пасхи, пришедшейся на 1 мая, в Барнауле, где красногвардейцы пытались разогнать верующих, но те взяли верх. После этого красногвардейцы обстреляли храм. В селе Дегтяном Рязанской губернии на Пасху спасский комиссар Пенкин попытался арестовать священника Миловзорова, но был убит прихожанами. В село прибыл вооруженный отряд, священника арестовали за возбуждение народа и грозили расстрелом. Но епископ Иоанн договорился с Рязанским губсоветом, что этого делать не будут.
На Пасху 1918 г. Совнарком разрешил проведение праздничных служб в Кремле, но вход в Кремль верующих осуществлялся по списку, представленному официальным представителем Собора Н. Кузнецовым.