Богослужения в Кремле дозволялись до июля 1918 г. В целом по Москве областной СНК принял решение не допустить крестные ходы 1 мая и одобрить аресты духовенства за контрреволюционную агитацию. Райсоветам было указано следить за агитацией в церквях и доводить информацию до ВЧК.
14 марта Соборный совет создал делегацию для переговоров с органами Советской власти, прежде всего для противодействия конфискациям церковного имущества. В нее вошли А. Самарин, Н. Кузнецов, Н. Малыгин и А. Июдин. Была подготовлена критика декрета, которую они должны были представить властям. Документ, ссылаясь на определение Собора, настаивал, что «государство не может быть безрелигиозным» и «Россия может быть государством только православным». Впрочем, декрет нарушает и свободу совести, запрещая преподавание Закона Божия не только в государственных, но и в частных и общественных учебных заведениях. Авторы настаивали, что можно ограничиться прекращением государственного финансирования такого преподавания и факультативным его характером в общеобразовательных школах. Лишение Церкви права юридического лица и запрет на получение пособий существенно ущемляют ее права даже в сравнении с другими частными организациями. Государство реквизировало церковные типографии, не допускает верующих в кремлевские соборы. Все это очевидно нарушает принцип свободы совести. Авторы шли дальше и требовали вернуть Церкви ее капиталы, так как они были созданы исключительно из добровольных пожертвований.
27 марта представители СНК М. Елизаров, Д. Курский и В. Бонч-Бруевич встретились с делегацией Собора. А. Самарин выступил с критикой декрета и лишения Церкви ее достояния. В ответ нарком М. Елизаров заявил, что народные комиссары и он лично относятся к РПЦ не враждебно, а, напротив, даже благожелательно (как и к другим вероисповеданиям). Но они «не могут допустить влияние Церкви на государство».
Как докладывали участники встречи Собору, «эта власть сама сознает, что в этом декрете было много несовершенного, чем и объясняются отрицательные факты по применению этого декрета, особенно в провинции, акты, не вытекающие с логической необходимостью из декрета, что эксцессы объясняются личными воззрениями на местах совдепов и комиссаров, что декрет будет рассмотрен с участием представителей Церкви и будет разъяснен удовлетворительным образом, – таким образом, предполагалось некое соглашение».
Член делегации Н. Кузнецов еще в феврале сформулировал условия возможного компромисса. Он предлагал разрешить церковное обучение детей на средства родителей, церковные общества должны были быть приравнены в правах к другим частным обществам, к ним и должна была перейти церковная собственность. Должны быть сняты ограничения на получение пожертвований. Возможные варианты конкретизации декрета обсуждались в комиссии с участием заинтересованных ведомств. В. Бонч-Бруевич, координировавший эту работу, продолжал поиски компромисса до мая. Но поскольку коллегиальная работа затянулась, в контексте общего сворачивания коллегиальности в мае подготовка декрета была передана в наркомюст П. Красикову. Встречи с представителями Собора после этого прекратились.
24 августа 1918 г. народный комиссар юстиции Д. Курский подписал «Инструкцию о порядке проведения в жизнь декрета “Об отделении церкви от государства и школы от церкви”». В соответствии с ней церковное имущество делилось на богослужебное и небогослужебное. Богослужебное передавалось в пользование общине верующих для отправления культа, а небогослужебное реквизировалось. Договор о передаче богослужебного имущества заключался с группой верующих из 20 человек («двадцатка»), а не со священником. «Двадцатка» брала на себя обязательство согласовывать свои действия с органами Советской власти и не вести против нее агитацию. Такова была конкретизация декрета, состоявшаяся уже в условиях широкомасштабной гражданской войны.
Советские власти воспринимали РПЦ как источник контрреволюционной агитации, а январско-февральские волнения и столкновения лишь подкрепили убежденность в том, что РПЦ несет угрозу режиму.
Священники продолжали критиковать большевиков и социализм как таковой. Барнаульский священник о. Иоанн Шарин писал Патриарху: «После молебна я, пользуясь стечением народа, сказал проповедь о христианской любви, развив мысль о разнице, какая существует между любовью, которую заповедал Спаситель, и любовью, которую проповедует социализм».
Священник Иван Ильигорский, находясь в бане, заявил члену тверского губисполкома В. Цыганову: «Неужели же мы, православные священники, пойдем учиться Закону Божьему у жидов Ленина, Троцкого и других». За эти слова он был задержан, подвергнут суду революционного трибунала, который вынес ему порицание.
В январе – марте аресту (иногда кратковременному) подверглись архиепископы и епископы Псковский Евсевий, Омский Сильвестр, Донской Митрофан, Аксайский Гермоген, Камчатский Нестор.
25 января (7 февраля) в Киеве, накануне занятия его советскими войсками, вооруженными людьми был убит митрополит Киевский и Галицкий Владимир Богоявленский. Патриарх Тихон обвинил в этом убийстве большевиков.
2 апреля, при оставлении красными Херсонской губернии, неизвестными, предположительно красными, был убит священник Никита Запольский.
При занятии красными Новочеркасска был арестован архиепископ Митрофан Симашкевич. Но 7 марта военно-революционный суд признал его ни в чем не виновным, а председатель суда объявил епископу: революционная власть теперь убедилась, что народ его любит.